Álgebra - Rearranjo de genoma

Considerando a composição de permutações abaixo, qual é a alternativa que possui o resultado correto:

(42513687) (45678) (76543218) (123)

a) É um 4-ciclo.

b) É um 6-ciclo.

c) São um 4-ciclo e um 2-ciclo.

d) São dois 4-ciclos.

e) NDA.

Inversão - Rearranjo Genoma

Sobre inversão em rearranjo de genomas, pode-se afirmar:

a) Non-Hurdles não é um Bad Component.

b) Um ciclo próprio possui pelo menos 4 arestas.

c) Os Bad Components são formados por Simple Hurdles e Super Hurdles apenas.

d) Um Hurdle separa somente dois Good Components em um ciclo próprio.

e) NDA.

Transposição - Rearranjo de genomas

Qual é a alternativa FALSA:

a) Zanoni Dias e João Meidanis provaram que para o problema de distância de transposição de prefixo também é possivel determinar quando uma permutação pode ser ordenada usando exatamente o número de operações indicado pela lower bound de breakpoints.

b) A distância de transposição entre uma permutação de tamanho n>=2 e a permutação que representa a sua inversa é exatamente [n/2]+1.

c) De acordo com o artigo "The Genome Distance Problem by Fusion, Fission and Transposition is Easy" de Zanoni Dias e João Meidanis, que dado dois genomas circulares, há um algortimo linear que determina uma série de fusões, fissões e transposições, de peso mínimo, que transforma um genoma no outro.

d) Vineet Bafna e Pavel Pevzner descreveram um algoritmo de aproximação com fator 3/2 para o problema de transposição, usando uma estrutura denominada "Diagrama de Ciclos".

e) NDA.

Evolução

Qual é a alternativa falsa a respeito de métodos de consensos entre Árvores Filogenéticas:

a. O método componentes combináveis(subgrupos compatíveis) utiliza subgrupos que não estão presentes em todas as árvores filogenéticas, em que podem ser compatíveis com todos os subgrupos que fazem da árvore estrita.

b. O método árvore assimétrica atribui a cada árvore um possível valor e, depois, seleciona do conjunto de árvores possíveis, as que maximizam este valor, porém o valor atribuído a cada árvore é diferente e o tipo de árvores resultante também.

c. O método consenso estrito é o que mais restringe o uso de subgrupos encontrados na árvores filogenéticas de coleção, permitindo apenas que subgrupos encontrados em todas as árvores filogenéticas sejam usados para construir o consenso.

d. O método de Nelson é baseado na premissa de que a chance de duas árvores filogenéticas que concordam em um subgrupo estarem erradas a respeito da existência deste subgrupo é alta. Assim, a árvore é formada pela metade dos subgrupos que aparecem em mais de uma árvore na coleção de árvores filognéticas.

e. NDA.

Database search

Considere as afirmações a seguir, sobre o programa FAST.
I- FASTP é especificamente para sequências de proteínas.
II- FASTA possui as mesmas caracteristicas de FASTP e a habilidade de processar DNA.
III- FASTN é um programa designado para trabalhar com sequências de nucleotideos.
IV- TFASTA pesquisa sequências de proteínas em um banco de dados de DNA.
São corretas:
a) I e III.
b) I, III e IV.
c) I, II e III.
d) Todas são corretas.
e) NDA.

Comparação de sequências

Enunciado:
De acordo com o livro "Introduction to Computational Molecular Biology" de João Meidanis e João Setubal, considere as seguintes afirmações sobre o histórico de comparação de sequências:
I- Em 1979, Sims e seus colegas examinaram regiões similares do DNA de duas plantas.
II- Rosenberg e Court completaram um estudo de alinhamento de 46 sequências promotoras de vários organismos em 1979.
III- O uso de computadores para sequênciamento e comparação, sempre foi para o DNA de humanos e bactérias.
Quais alternativas acima são verdadeiras:
a. I.
b. II.
c. II e III.
d. I e III.
e. NDA.

Árvore PQ

Qual das árvores abaixo não corresponde à árvore da Figura 1.

Figura 1

a)

















b)

















c)

















d)

















e) NDA



Árvore PQ

Qual das árvores abaixo não corresponde à árvore da Figura 1.

Figura 1

a)

b)



c)

d)

e)  NDA.

Questão de Biologia molecular

Para um bom trabalho com DNA, é correto afirmar:

I- Pode ser conservado indeterminadamente em temperatura ambiente.

II- É importante usar materiais esterializados.

III- A melhor forma de manipular o DNA é em altas temperaturas.

VI- Pode haver manipulação sem luvas.

Qual das afirmações é a correta:

1- I, II, III
2- II e III
3- II
4- III e VI
5- NDA